L'imponente Villa Maraini, costruita su una collina artificiale e sormontata da una torre belvedere dalla quale si gode una vista straordinaria a 360 gradi su Roma e dintorni, è opera dell'architetto ticinese Otto Maraini (1863-1944), fratello di Emilio Maraini e bisnonno della famosa scrittrice Dacia Maraini.
 
La costruzione si rifà alla tradizione della cultura della villeggiatura romana. Le decorazioni della villa sono costituite da originali e copie di antiche sculture, nonché da frammenti scultorei e altri reperti di scavo.
La grande dépendance, originariamente abitazione dei dipendenti dei fondatori, è stata ristrutturata negli anni 2001-2005, a cura dell’architetto Michael Burckhardt, mantenendo le originali facciate verso via Liguria e verso il giardino del convento di S. Isidoro.
Gli ambienti abitativi e di lavoro e le sale adibite agli eventi pubblici sono distribuiti fra la villa, la dépendance e il giardino.
Nella villa si trovano la biblioteca, gli spazi abitativi per 10 borsisti e il Direttore, due saloni per eventi, gli uffici della Direzione, del Settore Scienza e dell'Amministrazione dell'Istituto.
La biblioteca, ampliata e rinnovata nel 2005, comprende circa 40 mila volumi di filologia, archeologia, storia dell'arte, design, storia, teologia, e, in particolar modo, di letteratura svizzera, in linea con l’aspirazione di far conoscere l’operato culturale svizzero. Per una migliore visibilità, nel 2005 essa è stata integrata nella rete URBS (Unione Romana delle Biblioteche Scientifiche), ed è accessibile anche al pubblico esterno, per consultazione e studio. Nella nuova sala di lettura al secondo piano, anche questa a cura dell'architetto Burckhardt, sono a disposizione 20-25 posti di lettura, con possibilità di collegamento a Internet.
Nella dépendance si trovano degli appartamenti per i responsabili dei settori arte e scienza e per borsisti con famiglia, in più alcune camere per gli ospiti, la polivalente Sala Elvetica con circa 100 posti, oltre agli uffici per il Settore Arte dell'Istituto. Gli ateliers per gli artisti sono disposti fra la dépendance, i padiglioni nel giardino e la villa.