L’Istituto è costituto come Fondazione di diritto privato secondo gli articoli 80 e seguenti del Codice Civile svizzero. E’ diretto da un Consiglio di Fondazione, composto da rappresentanti delle scienze e della cultura, dell’economia e della politica, oltre che dalla famiglia della donatrice, Carolina Maraini-Sommaruga. Il Consiglio è coadiuvato dalle Commissioni responsabili per la selezione dei candidati (la Commissione universitaria e la Commissione artistica).
A capo dell’Istituto è il Direttore/la Direttrice, alle cui dipendenze è il personale delle tre sedi. Questi è affiancato da un Responsabile Scientifico, da un Responsabile Artistico e dall’Amministratore, con i rispettivi collaboratori. Con la riorganizzazione del 2008 il Segretariato della Fondazione è stato trasferito dall’Ufficio Federale della Cultura a Berna all’ISR.