In accordo con lo scopo fondamentale dell' ISR il settore scientifico, impostato nel 2005 e sostenuto dalla Segreteria dello Stato per l'Educazione e la Ricerca, ha come principali obiettivi,
- di offrire a giovani ricercatrici e ricercatori selezionati, che provengono da istituzioni svizzere, l’opportunità di sviluppare, in condizioni ideali, le proprie ricerche durante il soggiorno di un anno a Roma, metropoli carica di storia, e di instaurare oppure approfondire contatti con ricercatrici e ricercatori italiani;
- di promuovere l’interscambio fra Università svizzere e italiane ed altre istituzioni scientifiche;
- di organizzare oppure ospitare convegni scientifici e promuovere una propria attività di ricerca, evidenziando così il profilo dell'ISR nel contesto romano e a livello internazionale.